Entrevista

MARC NOGUERA I JULIAN

DOCTOR EN QUÍMICA TEÒRICA I COMPUTACIONAL

“No tot el que passa és culpa de la variant delta”

Vigilar com va mutant el virus és clau per identificar la progressió de les variants i detectar-ne de noves. El Hub de Seqüenciació de Can Ruti és un dels equips que fa aquesta vigilància genòmica per poder entendre millor el virus i combatre’l

EXPLOSIÓ DE CASOS
“La variant delta, per molt més transmissible que sigui, es para de la mateixa manera que l’alfa, que és evitant interacció social i portant mascareta”
VARIANTS
“A escala mundial hi ha una quinzena de variants, classificades per l’OMS, que preocupen i es vigilen amb més atenció”
FUTURES PANDÈMIES
“L’epidemiologia genòmica és clau per al seguiment dels virus, estaria bé tenir una estructura estable per vigilar els futurs covids”

La irrupció de la variant delta del SARS-CoV-2 en plena desescalada per Sant Joan, el que s’ha anomenat “la tempesta perfecta”, ha generat la cinquena onada de la pandèmia i ha posat en tensió el sistema de salut. Es podia preveure? L’explosió de casos és, sobretot, conseqüència de la variant delta, més transmissible? En parlem amb el bioinformàtic Marc Noguera, investigador associat del grup de genòmica microbiana d’IrsiCaixa, que des del gener, i en col·laboració amb l’Hospital Can Ruti, vigilen el virus. Seqüencien i monitoren l’evolució de les variants, una evolució que es pot seguir a través del web CovidTag, que han creat per compartir amb tothom l’evolució de la pandèmia.

Com han acabat convertint-se en vigilants del virus?
El grup de genòmica microbiana, que lidera el doctor Roger Paredes, hem dedicat els últims anys a estudiar el microbioma humà, el paper que té en la patologia i en la infecció de la sida, i col·lateralment estudiem també el paper que té en altres malalties com ara el càncer. Tenim molta experiència en l’anàlisi del genoma del VIH per al diagnostic clínic i hem adquirit una expertesa en aquesta tecnologia que és la que ens ha servit després per a la covid-19, per això estudiem les variants del virus.
Des de quan fan seqüenciació de les variants?
Quan va començar la pandèmia vam treballar per adaptar el nostre laboratori a l’estudi del coronavirus. En un primer moment per donar suport genòmic a la recerca, i a partir del gener, quan va aparèixer la variant alfa [la britànica], el fet de monitorar les variants es va convertir en una cosa de gran rellevància. Aleshores, juntament amb l’Hospital Germans Trias i Pujol, vam crear el Can Ruti Sequencing Hub per automatitzar el procés i seqüenciar moltes més mostres. El hub seqüencia unes 200 mostres a la setmana per fer un seguiment de les variants del virus.
Les mostres venen de tot Catalunya?
En el nostre cas provenen de la regió metropolitana nord, i algunes mostres, de Girona. Les d’altres regions se seqüencien en altres hospitals, hi ha quatre centres al territori. A tot Catalunya s’estan seqüenciant unes 600 mostres a la setmana. Estem lluny del Regne Unit, que és el líder en la vigilància del virus i en seqüencia milers al dia; 600 a la setmana pot semblar poc però, malgrat no ser un percentatge gaire alt, és representatiu, permet tenir informació per a models matemàtics i per fer previsió, és una informació molt valuosa que abans del desembre no teníem.
Quines dades ens permet tenir la seqüenciació del virus per lluitar contra la pandèmia?
Pot servir per a moltes coses, però ara l’estem fent servir per fer un seguiment de les variants. Amb un interval d’uns deu dies, des que tenim la mostra fins que la seqüenciem, ens permet saber quina proporció de variants hi ha entre la població infectada, si predomina l’alfa o la delta, o si estem en un procés de desplaçament de l’una per l’altra i això ens permet veure com de ràpid és aquest procés de substitució perquè es puguin prendre les decisions que calguin. Amb la seqüenciació del genoma complet del coronavirus, que és el que fem, podem classificar totes les variants que hi ha presents al territori. En l’àmbit de recerca ens podria permetre després veure xarxes de transmissió, caracteritzar brots, etc.
Tenien senyals d’alarma sobre la variant delta abans que hi hagués l’explosió de contagis?
Diria que hi ha una interpretació que tot el que ha passat és per culpa de la variant delta…
I no és així?
Hi ha contribuït, és clar, però estan passant moltes més coses.
El pont de Sant Joan, més la variant delta i la relaxació de mesures, ho explica tot, o no?
Ho explica bastant. La variant delta no només s’ha escampat aquí, sinó en molts altres llocs, a diferents ritmes, i es continuarà escampant per tot el món, perquè és una variant que té un avantatge sobre les altres i les va substituint, és un procés evolutiu i era d’esperar. La pandèmia, però, no acabarà amb la variant delta, tindrem més processos de substitució en el futur, i no és res extraordinari, sinó la conseqüència lògica que el virus s’està adaptant a l’ésser humà. El que no sabrem mai és què hauria passat si haguéssim mantingut les mesures de restricció un cop es va imposar la variant delta. És més transmissible, és calcula que un 50-70% més que la prèvia, que ja ho era un 50% més que l’anterior, i més que l’anterior… Aquest virus cada cop en va aprenent, lentament, però n’aprèn. És difícil quantificar la contribució de cadascun dels factors en l’explosió de casos. La variant delta, per molt més transmissible que sigui, es para de la mateixa manera que l’alfa, que és evitant interacció social, portant mascareta... Pensar que tot es deu a la variant delta és molt ingenu, o interessat.
Està dient que, si per Sant Joan la variant predominant encara hagués estat la britànica, la situació no seria gaire diferent a la d’ara?
Pel que fa a un augment significatiu de contagis, segur, però probablement no en la mateixa magnitud. No és que una variant sigui transmissible i l’altra no, sinó senzillament que una ho és més que l’altra, però pensar que amb una altra variant no hi hauria hagut un augment de casos és absurd.
Van poder veure que la delta s’imposava i que relaxar mesures podria complicar-ho més?
Des de principis de juny nosaltres, i altres grups, ja havíem dit que la variant delta havia arribat i que s’aniria expandint. No era un motiu d’alarma excessiva, perquè ja es veia a venir, primer va passar a l’Índia, després hi va haver la substitució a la Gran Bretanya, i el que passa allà acaba traslladant-se a bona part d’Europa tard o d’hora. Insisteixo, amb aquesta variant o amb una altra, si obres, és evident que els casos augmentaran.
A CovidTag, el lloc web que han creat i on es pot veure el seguiment de les variants a tot l’Estat, sorprèn que la delta està instal·lada bàsicament als Països Catalans, però a la resta gairebé no hi apareix. La previsió és que s’estendrà?
Cal dir primer que a Catalunya s’està seqüenciant molt més el virus, i per tant les dades de la resta de l’Estat poden ser menys representatives. És cert que el ritme de substitució és diferent, però la delta s’acabarà imposant també a la resta de l’Estat, no en tinc cap dubte. I pot ser que en algun territori, abans que s’hi acabi imposant, hi arribi una altra variant nova i aquesta guanyi la delta, això també pot passar.
Amb la seqüenciació també poden saber per quina zona entra el virus, com apareix… Sabem com va entrar?
Ens pot donar moltes dades, saber com va entrar és més complicat, però saps quan entra, i com més seqüenciació fas més informació tens i ho saps abans. Amb el seguiment que fem podem veure quan hi ha una mínima prevalença d’una variant entre la població i llavors la comencem a seguir. Si mireu els gràfics de CovidTag veureu que hi ha moltes més variants circulant però que no s’han expandit tant. En fem un seguiment per poder preveure quan una variant pot acabar-se imposant. La nostra feina és vigilar.
Quantes variants circulen?
Al món, centenars! El virus muta constantment, les que surten als mitjans són les que adquireixen avantatge en la transmissió i inicien aquesta dinàmica de substitució. Moltes passen per sota el radar perquè no van a més.
En el seu radar hi ha alguna cosa que els preocupi especialment en aquest moment?
Ara estem monitorant aquest procés de substitució per part de la variant delta i el que observem i preveiem és que pràcticament tot el virus que circularà a casa nostra serà de la delta. Hi ha altres variants que se segueixen, però de moment no generen cap motiu d’alarma.
A escala mundial hi ha alguna variant que els preocupi més i hi estiguin especialment atents?
De les variants classificades per l’OMS n’hi ha una quinzena que es vigilen amb més atenció. Aquí les que tenim sobretot són l’alfa i la delta, n’hi ha d’altres però amb poca incidència.
Ara es parla especialment de la lambda, detectada al Perú. Per què genera més preocupació?
Per territoris el virus segueix processos d’evolució diferents, i en un lloc es pot veure que guanya terreny una determinada variant que no és present en d’altres. Vol dir que aquella variant té avantatges sobre d’altres i cal estar atent. Quan s’imposa una variant en algun territori és per alguna cosa i cal vigilar-la.
El següent pas previsible quin serà, una nova variant?
Vindrà una variant x i substituirà la majoritària, d’aquí a un mes, d’aquí a tres o d’aquí a un any, no ho sabem. El virus anirà evolucionant i s’aniran substituint unes variants per d’altres, el que no sabem encara és si una variant substituirà la prèvia o coexistiran diferents variants alhora que més o menys tinguin els mateixos avantatges per anar-se propagant. Tenim la sort que aquest virus és una mica lent, genera mutacions a un ritme baix, un parell de mutacions al mes; el de la sida, per exemple, en genera milers. Això no vol dir que no es mogui, sinó que es mou més lentament i en un futur és possible que les vacunes no siguin tan eficients contra algunes de les variants i calgui redissenyar-les. El que diuen el sentit comú i els conceptes evolutius és que el virus s’anirà adaptant. Per això si ara, quan encara falta molta gent per immunitzar amb les vacunes, li deixem un espai per replicar-se, li estem donant l’oportunitat de generar mutacions que li donen avantatges, li estàs donant números de loteria perquè guanyi la grossa i aconsegueixi mutacions més avantatjoses.
Encara falta molt perquè tota la població mundial estigui vacunada…
Per això s’insisteix tant a vacunar tota la població mundial, perquè si no sempre tindràs un reducte on la població no estarà immunitzada i on el virus podrà evolucionar lliurement. I el mateix que passa a gran escala passa a petita escala. Pensar que ara que el virus està infectant gent jove, que majoritàriament passa la malaltia de forma lleu, no suposa un gran problema és un error, li estàs donant un espai al virus perquè repliqui i muti, són faves comptades.
Ens hem de mentalitzar, doncs, que les restriccions seran imprescindibles durant molt de temps encara?
Ens hem de mentalitzar que el virus no marxarà. És aquí per quedar-se, possiblement es convertirà en un altre virus estacional com la grip. Quan va aparèixer era un virus nou amb una població verge, sense cap immunització, i ha causat destrosses. A través de les infeccions i les vacunes, el sistema immunitari humà aprendrà a conèixer-lo, i les afectacions en l’àmbit sanitari seran molt menors amb el temps, però no vol dir que el virus desaparegui. La grip, per exemple, evoluciona 10 vegades més que el coronavirus i cada any torna.
El pitjor escenari és una variant que pugui escapar a les vacunes abans no s’hagi vacunat a tot el món?
Crec que no ens adonem de com n’és, d’impressionat, el que s’ha fet per aconseguir les vacunes. Haver desenvolupat una vacuna en menys d’un any és brutal. Són vacunes molt eficaces i ho són contra les variants que van apareixent. Però és possible que pugui aparèixer alguna variant que faci que la resposta de la vacuna sigui més feble.
Quin paper ha de jugar l’epidemiologia genòmica en un futur?
La genòmica s’utilitzava poc en epidemiologia i ha agafat embranzida amb el coronavirus. La Gran Bretanya, que tenia un sistema força potent, s’hi ha abocat en pocs mesos. Aquí ens hi vam posar el mes de desembre i esperem que tingui una continuïtat, seria bo que poguéssim tenir un sistema estable d’epidemiologia genòmica per fer el seguiment no només de virus, sinó també de bacteris. En 10 o 20 anys adquiriran molta rellevància els problemes derivats de la resistència d’alguns bacteris als antibiòtics, i la vigilància genòmica hi té un paper i un potencial important. Pots seguir el genoma dels virus i dels microbis no en temps real però gairebé. Aquesta informació seria útil per a moltes coses a banda de la covid-19. El que estem fent demostra que la tecnologia hi és, i que tenim els coneixements, però calen, és clar, recursos. Encara que un dia no calgui per a la covid, estaria bé mantenir aquestes eines per vigilar els futurs covids.
Hi ha consens científic que tard o d’hora apareixerà un altre virus...
N’han aparegut abans, com ara el primer SARS i el MERS. El VIH en el seu moment també es va descontrolar, i qualsevol eina que ajudi a controlar els virus i a contenir-los serà important. Des de fa un temps ha adquirit una gran importància el concepte one health (una única salut, humana, animal i mediambiental) perquè molts d’aquests virus que apareixen provenen de reservoris animals, i fan un salt zoonòtic. Els patògens que ens afecten no neixen del no-res i sovint provenen dels animals, els salvatges i també els de granja, d’aquí el concepte de one health. Que vindran nous virus, ja hi podem pujar de peus.
La seqüenciació és la que ens permetrà un dia saber com es va originar la pandèmia?
Sens dubte és clau. Tot i que no sé si en aquest cas ho sabrem mai. La seqüenciació et permet fer la vigilància de les variants, com que el virus va mutant pots comparar el genoma del virus de diversos casos i veure si estan relacionats entre si. A mesura que tens informació pots anar concretant més la cadena de transmissió, la genòmica és essencial per entendre les vies de transmissió i dels processos zoonòtics. És el que va passar amb el VIH, que força anys després d’aparèixer es va poder entendre d’on va venir el virus.

ELS VIGILANTS DEL VIRUS

Saben si ens estem infectant de la variant alfa, delta o de la quinzena que ara mateix són presents al territori, però sobretot estan amatents a les variants que guanyen terreny o a si n’apareixen de noves per poder-ne preveure les conseqüències. El Hub de Seqüenciació del Campus Can Ruti analitza el genoma complet del virus de 200 mostres cada setmana de pacients infectats. Marc Noguera (Manresa, 1976), doctor en química teòrica i computacional, és un dels membres de l’equip i un dels coautors del web CovidTag, on es pot seguir gairebé en temps real l’evolució de la pandèmia.

Identificar-me. Si ja sou usuari subscriptor, us heu d'identificar. Vull ser usuari subscriptor. Per escriure un comentari cal ser usuari subscriptor.
Nota: Per aportar comentaris al web és indispensable ser usuari verificat i acceptar les Normes de Participació.
[X]

Aquest és el primer article gratuït dels 5 d'aquest mes

Ja ets subscriptor? Fes-te subscriptor per només 12 € l'any (1 €/mes)